No software TopRonda, o relatório de ocorrências exibe muitas marcações faltantes.

Não se trata de erro. O relatório de ocorrências exibe apenas as marcações que tem algum tipo de discrepância com a ronda cadastrada, ou seja, horários em que marcações não foram feitas ou marcações fora do período de tolerância.
Para visualizar o relatório completo, incluindo as marcações feitas no horário correto, utilize o relatório detalhado, no menu Relatórios > Detalhado.