No site do MTE informa que não precisa cadastrar, conforme FAQ 152 abaixo:
152 . Os exercentes de cargos de confiança como diretores, presidentes, gerentes e outros são liberados do controle de frequência. Mesmo assim eles deverão ser cadastrados no REP?
R: Não. Os empregados regularmente enquadrados no artigo 62 da CLT não precisam ser registrados no REP, pois eles estão fora do alcance de todo o capítulo da CLT, que trata de jornada de trabalho.