Caso o cliente já use cartões com código de barras, posso utilizá-los com o Inner Plus?

Sim, desde que o padrão do cartão seja 2 de 5 (dois de cinco) intercalado/não intercalado ou padrão 3 de 9, com no máximo 14 (quatorze) dígitos.
A Topdata recomenda a utilização do padrão livre 2 de 5 (dois de cinco) intercalado