O Gerenciador Inner Rep em sua pasta de instalação possui o arquivo InstaladorServico.bat, este arquivo pode ser localizado no diretório de instalação, por padrão fica na pasta C: > Arquivos de Programas > Topdata > Gerenciador Inner Rep > Bin > Topdata > Serviço.
Deve executar este arquivo para fazer a instalação do Inner Rep Service, que permite que o gerenciador funcione como um Serviço do Windows.
Após isso deve abrir o Gerenciador Inner Rep > Configurações > Gerais > Utilizar Serviço > Gravar. Ao realizar esta configuração o Gerenciador Inner Rep será iniciado juntamente com o Windows sendo executado em segundo plano como um serviço.