Sim, é possível configurar para que a coleta ocorra de forma automática a cada determinada quantidade de tempo.
Esta configuração é feita na aba Coleta Automática > Configurar > Automática > Selecione a cada quantos minutos a coleta será realizada > Clique em Gravar.
Após isso o software irá coletar as marcações a cada 1 hora(ou o tempo que for selecionado) e gerar o arquivo AFD no diretório configurado.
OBS: A coleta automática só funciona caso o Gerenciador Inner Rep esteja aberto ou minimizado, caso o software esteja fechado a coleta não ira ocorrer.