Sim, no Pontto III possui a opção coluna automática Menu 6/14 onde irá selecionar quais os horários em que o equipamento fará a mudança para a coluna desejada: entrada1; saida1; entrada1; saida2; entrada extra; saída extra.
Mais detalhes podem ser vistos no manual do Pontto III(link abaixo) a partir da página 20.